Met een bacteriologisch onderzoek kunnen de bacteriën in de tandvleespockets bij ontstoken tandvlees gedetecteerd worden. Een aantal bacteriën (paropathogenen) zijn namelijk van invloed op het ontstaan of het in stand houden van parodontitis. Een bacteriologisch onderzoek wordt uitgevoerd met een papieren staafje in de pocket. Hierna worden 4-5 staafjes voor onderzoek doorgestuurd naar het laboratorium.